Die Verzeichnisse /usr/local/share/applications/ und /usr/local/share/desktop-directories werden falls vorhanden auch ausgewertet. Also einfach dort die *.desktop btw. *.directory Dateien ablegen. Vorlagen hierfür findest Du unter /usr/share/applications/ und /usr/share/desktop-directories zur genüge. Für einen einzelnen User gibt es noch die ~/.local/share/applications und ~/.local/share/desktop-directories, die dann bei Überschneidungen das letzte Wort haben.